Структура Института представляет собой многоуровневую сеть образовательной, научно-исследовательской, спортивной, культурной направленности и включает следующие подразделения:
- Кафедра «Физическое воспитание и здоровье» является сервисной общепрофессиональной и осуществляет учебную, воспитательную, методическую, научно-исследовательскую работу по физическому воспитанию студентов разных направлений (специальностей), реализуемых в институтах и высших школах ЮУрГУ (НИУ).
- Учебно-спортивный комплекс - центр спорта всероссийского уровня. На его базе регулярно проводятся спортивные соревнования городского, областного и всероссийского значения. Открыты специализированные направления для разных категорий населения. Для оздоровления и развития детей открыт детский спортивный клуб «Олимпик», программы по хореографии, ритмике, капоэйре, комплексная оздоровительная программа с использованием детских тренажеров, программа для детей от 1 года до 3 лет «Мама и малыш», группа развития особенных детей. На базе комплекса работает Муниципальное бюджетное учреждение «Спортивная школа олимпийского резерва по плаванию «ЮНИКА» (Челябинск). Неоднократно Учебно-спортивный комплекс ЮУрГУ признавался лучшим спортивным объектом среди вузов Челябинской области. Занимал 1 место во всероссийском смотре-конкурсе спортивных центров Министерства образования и науки РФ.
- Научно-исследовательский центр спортивной науки проводит фундаментальные и прикладные научные исследования. Здесь регулярно проходят обследования члены молодежных сборных России по лыжным гонкам, олимпийской сборной по пулевой стрельбе. Ежегодно проводится углубленное медико-биологическое обследование спортсменов Центра подготовки олимпийского резерва и Школы высшего спортивного мастерства Республики Казахстан.
- Центр дополнительного образования осуществляет профессиональную переподготовку лиц, имеющих профессиональное образование.
- Редакция научного журнала «Человек. Спорт. Медицина». В редакционном совете работают 26 ученых из России, Франции, Великобритании, Германии, Соединенных штатов Америки, Словакии. Журнал входит в перечень изданий, рецензируемых высшей аттестационной комиссией Министерства образования и науки Российской Федерации. Журнал включен в базу данных Web of Science, и все статьи, опубликованные в журнале, начиная с 2017 года, будут проиндексированы.
- Малое инновационное предприятие – ООО «ИСТиС-Тур» - это туристическая компания, созданная на базе вуза, которая решает вопросы быстрого передвижения по России и миру: оформляет документы для поездок на конференции, в командировки, на отдых, осуществляет визовую поддержку, разрабатывает туры.
- Малое инновационное предприятие – ООО «ИСТИС-Мед» занимается разработкой продуктов медицинского назначения, например, медицинских анатомических стелек «Fizio Step».
