Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2022610514
Реферат
Программа предназначена для специалистов фармацевтических фирм, исследователей в области разработки лекарственных средств, использующих методы докинга. Программа служит для систематизации результатов, полученных при построении уравнений факторов комплементарности, найденных с помощью карт электронной плотности комплексов рецептор-лиганд, рассчитанных либо с использованием традиционных квантовохимических методов, либо с использованием алгоритма AlteQ. В программе реализованы: методы систематизации оценки качества докинга лигандов к рецепторам (ДНК, РНК, энзимы).
Подробное описание программы
Для моделирования структур комплексов фермент–лиганд существуют различные методы докинга. Часто они позволяют с высокой точностью определить структуры таких комплексов, что подтверждается сопоставлением с данными рентгеноструктурного анализа. Но, тем не менее, методы докинга часто дают набор возможных поз лиганда в кармане рецептора, многие из которых сильно отличаются от найденных экспериментально. Выбор правильной позы лиганда в кармане рецептора является нетривиальной задачей. Поэтому мы создали программное обеспечение, в основе которого лежит предположение о том, что взаимодействие фермента и лиганда является частным случаем взаимодействия субстрат–реагент и подчиняется закону комплементарности их электронных структур. Данное программное обеспечение позволяет определить, насколько комплементарными являются электронные структуры субстрата и реагента в комплексе.
Программа использует PDB файл со структурой комплекса «субстрат–реагент», частным случаем которого может быть комплекс «фермент–лиганд» и название реагента (лиганда), вся остальная часть структуры в PDB рассматривается как субстрат (фермент).
Программа рассчитывает факторы комплементарности электронной структуры.
CF1 был разработан для упрощенного рассмотрения комплементарности в комплексах «фермент–лиганд», проверен на системах с элементами C,N,O,F,P,S,Cl без учёта атомов водорода (рекомендован для рассмотрения комплексов «фермент–лиганд», получаемых методами докинга без атомов водорода).
CF2 является исследовательским.
CF3 был разработан для детального рассмотрения комплементарности, применимого к химически правильным системам (в случае присутствия водородов, они должны быть записаны в PDB файле). CF3 уже был проверен на системах с элементами H,C,N,O,F,Na,Mg,P,S,Cl,K,Ca, Ti,Fe,Zn,Br.
CF4 приблизительно равен CF3 для нековалентно связанных комплексов. Большое отклонение CF4 от СF3 возникает при перекрывании внутренних электронных оболочек, что свидетельствует о возникновении ковалентной связи или некорректной структуре комплекса.
Инструкция и примеры использования программы
Для получения подробной информации и оформления покупки обращаться в патентный отдел:
Адрес: пр. Ленина, 76
Аудитория 321 главного корпуса
Телефон: (351) 267-90-46
E-mail: khafizovaie[at]susu[dot]ru
И.о. начальник отдела
Хафизова Илона Эдуардовна
