В 1999 году решением Ученого совета ЮУрГУ было открыто представительство университета в г. Верхний Уфалей. Его основными задачами являлись защита интересов ЮУрГУ в отношениях с государственными и муниципальными органами власти, общественными и коммерческими организациями, физическими лицами на территории города Верхний Уфалей, а также ведение рекламной деятельности среди абитуриентов. В 2001 году это представительство было ликвидировано, и на его месте приказом Министерства Образования Российской Федерации, а также приказом ректора ЮУрГУ открыт филиал Южно-Уральского государственного университета.
Филиал открылся в здании действующей общеобразовательной школы № 5, а его директором был назначен Нетруненко Юрий Иванович, прослуживший на этой должности пять лет.
С учетом очной и заочной формы обучения первый набор студентов составил достаточно крупную для небольшого города величину - 57 человек. Однако первый год работы филиала проходил в сложных условиях: информационно – методическое и материально - техническое обеспечение учебного процесса было в плачевном состоянии.
Несмотря на эти и другие трудности, филиал быстро и успешно развивался. Немаловажную роль в этом сыграл достаточный ежегодный приток студентов (не менее 45 человек, а в 2005 году он достиг 74 человека), а также активная работа руководства филиала. В первую очередь был осуществлен ремонт аудиторных помещений и закуплена мебель. Начиная со второго года работы филиала, началось постепенное улучшение методического и технического обеспечения.
В 2004 году на базе филиала открываются первые кафедры «Экономика и управление» и «Гуманитарные и естественные дисциплины».
18 сентября 2006 исполняющим обязанности директора филиала был назначен начальник учебного отдела Наумов Антон Викторович.
В 2007 году средствами филиала проведена модернизация системы отопления здания. В начале 2008 года завершилась работа по передаче части учебного здания, которое до этого времени арендовалось филиалом, из муниципальной собственности в оперативное управление, получено свидетельство о регистрации права собственности на 2100кв.м. Филиал постоянно осуществляет обновление оборудования мультимедийной аудитории и компьютерного класса, в 2007 году филиал получил 15 современных двуядерных компьютеров и компьютерной мебели, после чего был создан второй компьютерный класс. Кроме того, в конце 2008 года филиалом приобретен современный быстродействующий компьютер на сумму 50 тыс. руб. выполняющий роль сервера. В настоящее время филиал имеет 37 компьютеров, из которых 24 используются в учебном процессе. В начале 2010 года завершено создание лаборатории «Электротехники» насчитывающей 12 стендов.